研究生处、党委研究生工作部是学校学位与研究生教育及学科建设管理职能部门。 云南农业大学1983年成为硕士学位授予单位，2003年成为博士学位授予单位。2007年设立博士后科研流动站.现有一级学科博士学位授权点和博士后流动站各1个，二级学科博士学位授权点4个，一级学科硕士学位授权点5个，二级学科硕士学位授权点29个，有农业推广硕士、兽医硕士专业学位和高校教师在职攻读硕士学位授予权，有在职人员申请硕士学位审批权和外国留学生招生权。学校现有在职教职工1499人，其中正高职105人，副高职319人；博士生导师29人，硕士生导师325人；具有博士、硕士学位的教师508人；国家教学指导委员会委员4人，教育部学部委员1人。获国家级教学名师奖1人，省级名师奖3人，全国模范教师、全国优秀教师、全国教育劳模、全国农业劳模等14人，省级优秀教师13人。国家973计划项目首席科学家1人。国家百千万人才工程人选2人。国务院特殊津贴18人，省政府特殊津贴14人。云南省突出贡献专家12人。云南省学术与技术带头人10人，教学科研带头人8人，中青年学术技术带头人后备人才13人，技术创新人才2人。培养研究生的学科专业涉及理学、工学、农学、管理学和法学 5大门类；经过六十多年的建设，学校现有专业学科平台建设成效显著，建成3个国家级教学、科研和社会服务中心，即国家农科专业基础实验教学示范中心、国家农业生物多样性应用技术工程研究中心和国家普洱茶认证中心。建成6个省部级重点实验室和研究中心，即教育部农业生物多样性与病虫害控制重点实验室、云南省植物病理重点实验室、云南省动物营养与饲料重点实验室、云南省版纳微型猪近交系重点实验室、云南省滇型杂交水稻研究中心和云南省香料研究开发中心。建成5个云南省高校重点实验室和研究中心，即作物种质资源创新与可持续利用、农业资源与环境和农业信息技术重点实验室，蜜蜂资源可持续利用和水资源与节水灌溉工程中心。建成2个省级创新人才培养基地，即云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地、云南省环境科学与工程创新人才培养基地。学校还建有19个校级研究所（中心）和60个校内外实践教学基地。目前，在校硕士研究生1371人，博士研究生93人。 我校的研究生教育管理工作在主管副校长领导下，由研究生处、党委研究生工作部组织实施。研究生处、党委研究生工作部设处长1人，副处长1人，副部长1人。研究生处、党委研究生工作部下设综合科、培养科、招生办、学位与学科建设办，教师党支部；学校下属的各学院配有研究生工作秘书。硕士、博士学位学科点配有点长和副点长，负责本学科的有关工作。学校还设立校、学院两级的学位评定委员会，负责学位授予审核工作。